南粳46的突出优点是稻米品质优。米质理化指标据农业部食品质量检测中心2007年检测，整精米率66.8%，垩白粒率20.0%，垩白度2.4%，胶稠度83.0毫米，直链淀粉含量15.0%，达到国标二级优质稻谷标准。该品种综合了母本武香粳14的香味和父本关东194的软米特性，米饭晶莹剔透，口感柔软滑润，富有弹性，冷而不硬，食味品质极佳。在2006年江苏省农科院系统优质粳稻新品种（系）食味品尝和2007年江苏省粳稻优质米食味品尝会上均获得第一名，被誉为江苏“最好吃大米”。2007年8月在沈阳组织召开的全国优质粳稻优良食味品评会上，南粳46获得优秀奖，食味品评总分81.5分，名列第七，是南方稻区唯一进入前十名的优质粳品种。与日本原产“越光”米仅差4.21分，比市场公认食味品质较好的“武育粳3号”高出11.5分。2010年被评为全国“优质食味粳米”。